Debido a que se trata de vías férreas, el Consejo de Seguridad Nacional declaró las obras del Tramo 5 del Tren Maya como “prioritaria” y de “seguridad nacional”. Por ello, el director general del Fondo Nacional para el Fomento del Turismo (Fonatur), Javier May, anunció que reanudaron los trabajos de construcción.
Asimismo, y debido a que la obra ya no está a cargo de la dependencia original, insistió en que no están violentando los amparos contra el Tramo 5.

Momentos antes de la ceremonia por el 150 aniversario luctuoso de Benito Juárez en Palacio Nacional, la prensa cuestionó a Javier May sobre el tema.
Sobre las acusaciones del movimiento “Sélvame del Tren” tras la reanudación de las obras del Tramo 5 a pesar de los amparos, el titular afirmó que “es un tema de seguridad nacional. Una declaratoria del Consejo de Seguridad Nacional donde la obra es prioritaria y es un tema de seguridad nacional”.
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También indicó que la construcción “está a cargo de la Secretaría de Gobernación y de la Secretaría de Seguridad Pública. Nosotros vamos a respetar los tiempos de los amparos que determine el juez. Estamos esperando que nos vuelva a asignar la audiencia”. De acuerdo con el titular de Fonatur, la audiencia “se ha transferido ya varias veces y ya para aportar los alegatos. Estamos en espera de eso”.
Fue el 22 de noviembre del 2021 cuando la Segob determinó que las obras de infraestructura turística y vías férreas serán de seguridad nacional. A través de un documento, anunciaron que “se declara de interés público y seguridad nacional la realización de proyectos a cargo del Gobierno de México asociados a infraestructura de los sectores comunicaciones y telecomunicaciones”.
De acuerdo con el comunicado, lo mismo aplica para los sectores “aduanero; fronterizo; hidráulico; hídrico; medio ambiente; turístico; salud; vías férreas; ferrocarriles en todas sus modalidades; energético; puertos y aeropuertos”. También “aquellos que, por su objeto, características, naturaleza, complejidad y magnitud se consideren prioritarios para el desarrollo nacional”.

