Luego de que el subsecretario de Gobernación, Alejandro Encinas, lo acusara de haber retenido y ordenado matar a seis de los 43 normalistas de Ayotzinapa, el general José Rodríguez Pérez desminitó las declaraciones y recordó que él está en prisión por delincuencia organizada.
Cabe recordar que los señalamientos en contra de Rodríguez Pérez y otros cuatro militares están basados en el testimonio del exjefe del cártel Guerreros Unidos, Gildardo López, alias «El Gil». Por ello, y desde la cárcel militar, el extitular del 27 Batallón de Infantería en Iguala arremetió contra Encinas y sus acusaciones sobre el caso Ayotzinapa.

De acuerdo con el informe de la Comisión para la Verdad y Acceso a la Justicia del Caso Ayotzinapa, presentado el pasado 18 de agosto y que derivó en la detención del exprocurador de justicia, Jesús Murillo Karam, el general habría tenido en su control a seis estudiantes, a quienes ordenó matar.
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Sin embargo, el detenido expresó en entrevista que esto «es una vileza, una cobardía. Estoy aquí por delincuencia organizada, que no tiene nada que ver con la declaración de esa persona («El Gil»). Él me está acusando a mí con nada».
Por otro lado, declaró que «soy inocente, lo que han hecho (el subsecretario Alejandro Encinas y la fiscalía especial) es una vileza, una cobardía. Yo me presenté ante las autoridades, doy la cara y demostraré que soy inocente, al igual que los otros cuatro elementos que están detenidos».
Finalmente, hizo un llamado a que la sociedad no lo juzgue a él y a sus compañeros militares por las declaraciones del exjefe del grupo delincuencial. También pidió que «esperen los resultados jurídicos. Nos avala la razón. Pero vamos a salir, la Institución nos está apoyando».

